Líder no seguimento institucional, a Blau foi fundada em dezembro de 1987 por Marcelo Hahn, atual membro do conselho e CEO da companhia, que na época buscava empreender em algum mercado ainda pouco explorado dentro do Brasil. Logo, no ano de 1992, deu-se início ao plano de expansão da companhia em produzir seus próprios medicamentos de alta complexidade.
Em 1995 foi inaugurada a primeira unidade em Caucaia, localizada em Cotia (SP), sendo esta dedicada a fabricação de oncológicos. Entre os anos de 2002 a 2005, acompanhando ao constante crescimento da empresa, foi obtido a licença para uma segunda indústria, essa dedicada à produzir medicamentos injetáveis, biológicos, biotecnológicos e anestésicos.
A terceira planta industrial foi estabelecida em 2011, focada na produção de antibióticos e medicamentos hospitalares; além disso, no mesmo ano a companhia alterou sua razão social, passando a se chamar Blau Farmacêutica S.A., dando mais um passo em seu projeto de expansão além do território nacional.
No ano de 2013 houve a inauguração da sede em Uruguai, objetivando a distribuição de medicamentos na América Latina. Em 2016 se iniciou as operações no Chile, Peru e Argentina.
O ano de 2020, por sua vez, foi marcado pela inauguração de um novo centro de pesquisas, a Blau Inventta, e pela compra da Pharma Limirio, para comportar a expansão produtiva da companhia. No ano seguinte, 2021, foi aberta a Oferta Pública Inicial na B3, estreando com relativa alta na bolsa nacional.